El Archivo General de Indias fundamentalmente custodia los fondos producidos por las instituciones creadas por la Administración española para el gobierno y administración de los territorios ultramarinos españoles. Estas instituciones son: Consejo de Indias y Secretarías de Despacho, Casa de la Contratación y Consulados de Sevilla y Cádiz. Asimismo, se conservan otros fondos de instituciones, e incluso de particulares relacionados con las colonias españolas en América y Asia.
Guarda documentación de la antigua provincia de Tucumán que se extendía a las actuales provincias de Jujuy, Salta, Catamarca, La Rioja, Tucumán, Córdoba y Santiago del Estero. La cantidad de documentación es tal que, como se detalla a continuación, tan sólo conocer el inventario de las existencias del Fondo Gobierno, por ejemplo, exige la consulta de 33 catálogos.